Dalam rangka menanamkan nilai-nilai keagamaan kepada siswa sehingga selain memiliki ilmu pengetahuan dan keterampilan, juga memiliki budi pekerti yang baik, maka setiap pagi dilaksanakan shalat dhuha dan tahsin Al-Qur’an untuk siswa yang beragama Islam, serta ibadah pagi bagi siswa yang beragama Kristen Protestan dan Katholik dibawah bimbingan guru agama masing-masing 
SMK Muhammadiyah Kupang pada Kamis 11/09/2025, gelar peresmian dan pemasangan prasasti untuk Program Save Our School dari Lembaga Amil Zakat Muhammadiyah (LAZISMU) Pusat. Adapun tujuan utama program Save Our School
SMK Muhammadiyah Kupang pada Kamis 11/09/2025, gelar pembukaan Pembekalan Praktek Kerja Lapangan (PKL) untuk murid kelas XII yang merupakan amanat Undang-Undang Sisdiknas Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Peraturan Menteri