Aktivitas rutin di SMK Muhammadiyah Kupang adalah diawali dengan apel pagi, shalat dhuha secara berjama’ah dan shalat dzuhur secara berjamaan serta Kultum

Hal ini penting dilaksanakan secara rutin sebagai bagian dari upaya penanaman kedisiplinan serta penanaman karekater kepada siswa, karena intelektuliatasi yang baik, jika tidak ditunjang dengan kedisiplinan dan nilai-nilai karekter dalam diri setiap siswa